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독도가 행정적으로 속해 있는 경상북도에 소재한 유일한 종합대학교 소속 본교 교수들이 1984년부터 개별적으로 독도에 관한 관심을 갖고 독도의 역사와 문화 뿐만 아니라 지리, 생태 등의 연구를 해왔다.

개별적인 독도 연구의 한계성을 자각한 연구자들은 1997년에 본교 민족문화연구소에 ‘독도ㆍ바다연구부’를 조직하여 <울릉도ㆍ독도의 종합적 연구>란 학제간 연구(국사학ㆍ법학ㆍ문화인류학ㆍ국어학ㆍ해양 및 자연생태학 분야)를 수행하였고, 뒤이어 1999년부터 한국학술진흥재단의 지원(중점연구소 및 기초학문분야)을 통해 독도ㆍ울릉도를 포함한 동해안지역의 역사와 문화에 관한 지속적 연구를 해왔다. 그러나 한국학 전반의 연구를 하는 민족문화연구소의 산하의 한 부서로서의 독도에 관한 연구는 연구의 지속성과 일관성에 문제점을 갖고 있었기 때문에 독도 전문 연구소의 필요성이 대두되었다.

2005년, 일본 시마네현의 다케시마의 날 제정 사건은 일본이 독도를 자국의 영토로 편입시키기 위한 고도의 정치적 전략에서 비롯되었다. 이에 독도가 우리 영토임을 적극적으로 재조명할 필요성을 절감한 연구자들이 일본 측의 독도 영유권 주장의 허구성을 밝히는 체계적인 연구를 위해 독립연구소를 설립하기로 하였다. 대학본부의 전폭적인 지원에 힘입어 전국의 대학에서 처음으로 2005년 5월 11일 독도연구소를 설립하게 되었다.

2005년 3. 22일에 제정된 본교 부설 ‘독도연구소규정’의 제1조(목적)를 살펴보면 “본 연구소는 독도를 비롯한 동해안 문화권에 관한 자료를 수집ㆍ정리하여 연구하는 것을 목적으로 한다.”라고 하여 독도에 관한 지속적이고 일관된 연구를 위한 전문연구소를 목적으로 설립하였다.
본 연구소의 설립목적에 부응하기 위해 다음과 같은 사업을 한다(규정 제4조).
01
독도를 비롯한 동해안의 문화와 역사,독도 연근해의 자연생태와 부존자원, 관련 법규에 관한 자료의 수집 및 연구
02
일본측의 기초자료 및 연구자료의 수집 및 연구
03
독도를 비롯한 동해안 문화권에 관한 연구
04
연구 성과의 발간
05
독도문제에 관한 대외 홍보
06
외부 유관기관과의 협력
07
교내외 프로젝트 수주
08
기타 본 연구소의 목적과 관련되는 사업
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